在羅馬時代，農民發現在前者大場豆科種植作物，其生產已增加，因此，應注意的是細菌可以提高農業土壤營養豐富。直到19世紀，德國的苜蓿種植者和一些美國大豆種植者，誰使用土地苜蓿地或大豆農田，農田轉移到新的接種，使作物產量得以提高。1838年，法國農業化學多布森高（J.B.Boussingault）發現，豆類可以固氮。它于1843年建立了第一個農業試驗站，各種作物產量和部件的轉動系統，為更準確的分析。

    在砂培養1886--1888德國科學家赫爾里格爾（H.Hellriegal）證明，只有根瘤菌豆科植物的形成，以固定大氣中的氮。在1888年荷蘭學者貝葉鏈接（M.W.Beijerinck）根瘤菌孤立，這是微生物肥料方面的突破。這是現在很清楚，根瘤菌的作用。他們發現，這些細菌，促使美國第一家公司于1898年生產和銷售內特爾土壤細菌菌劑自此以后，有很多在整地和作物拌種和涂層的細菌。

    20世紀20年代，出現了一些新的土壤和大田作物微生物劑，但不太理想。20世紀40年代，美國農業部門頒發的許可證生物農藥，已被用于此目的的超過20種不同的微生物產品。

    1937年，蘇聯微生物學家克拉曦尼科夫和密集的金蘇斯開發＆ldquo;＆rdquo;的。固氮菌因此創造了一個先例細菌肥料，由于種種原因，這必須停止所有的微生物肥料批量生產。1940年，亞洲已開發與藍藻（藻類）在主季稻谷生物肥料使用。現在，它仍然發揮在持續農業的巨大作用。

    不管如何生物肥料的歷史，微生物制劑仍繼續前進。80年代以來，人們以極大的精力和關注環境和生物肥料的作物，這是這些產品能夠解決一些問題，特別是污染和消除污染環境的原因。因此，開發具有兩個功能的肥料，還具有消除環境污染的容量，這是非常困難的。困難在于：（1）具有以提供植物營養功能（如固氮基因等）的微生物，但不必分解污染的能力（即，物質的基因的分解）。基因轉移是很難實現的，但也是一個巨大的投資;（2）多種類型的土壤無污染，目前已擁有超過105種物質造成的污染了環境。這些污染物和化學成分是不同的，因此不可能使用105種混合在一起以使制劑的微生物。基因轉移是更難以實現;（3）除了生物殺蟲劑和生物除草劑等，和物種的原理變化很大作為原則細菌一個目的。因此，只有做了一個單一的細菌。并發揮較長時間的作用;（4）生物肥料不典型某些微生物的代理商時，其代理人進入土壤，因此很難生存，通常只用了3個月的保質期之前。

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